EPCY Evaluation of Predictive CapabilitY for ranking biomarker gene candidates

La présentation de Léonard Sauvé: EPCY: Evaluation of Predictive CapabilitY for ranking biomarker gene candidates, a été acceptée à ISMB/ECCB 2019. L’affiche est aussi accessible publiquement en ligne.

Abstract

Trouver des candidats au gène biomarqueur constitue le point d’entrée de l’identification des liens entre les niveaux d’expression des gènes et les caractéristiques d’intérêt dans les données de séquençage ARN de patients. Les caractéristiques peuvent être définies comme des sous-types de cancer, la présence de mutations pronostiques ou des réarrangements de génome. Les biomarqueurs d’expression sont généralement identifiés à l’aide d’une analyse de gène exprimée de manière différentielle (Differentially Expressed Gene, DEG) pour comparer un groupe de test (présentant la caractéristique d’intérêt) à un groupe de contrôle. À ce stade, il devient usuel d’utiliser les gènes significativement différentiellement exprimés comme entrée sur des analyses intégratives, sur la base des connaissances a priori, pour trouver un sous-ensemble de DEG liés à des échantillons de fonctionnalités. Nous supposons que les problèmes d’actualité avec l’identification de biomarqueurs découlent d’un désalignement de la procédure de DEG avec l’objectif poursuivi par l’identification de biomarqueurs, à savoir la classification d’échantillon basé sur un critère quelconque. Nous proposons une approche plus directe qui évalue les expressions de gènes basées sur la base de leur capacité prédictive individuelle pour classifier avec précision les échantillons. Nous montrons ensuite que le classement résultant renvoie un ensemble plus informatif de candidats de gènes biomarqueurs par rapport à d’autres approches. Enfin, en utilisant deux cohortes de patients et 4 caractéristiques, nous montrons que le classement résultant renvoie un ensemble plus informatif de biomarqueurs par rapport à d’autres approches, comparant aux DEGs sélectionnées par DESeq, Edger ou Limma.

Sébastien Lemieux
Sébastien Lemieux
Chercheur principal